１．処分をした行政機関の長
審査請求は、審査請求に係る処分（当該処分に係る再調査の請求についての決定を含みます。）をした行政機関の長を経由してすることもできます。
ここで、行政機関の長には、次に掲げる場合にあっては、それぞれ次に掲げる者がこれに該当します。
・国税局長、税務署長又は税関長のした処分にあっては、当該国税局長、税務署長又は税関長
・国税局、税務署又は税関の職員のした処分にあっては、当該職員がそれぞれ所属する国税局、税務署又は税関の長である国税局長、税務署長又は税関長
・いわゆる国税局調査課所管又は国税局の国税実査官の調査に係る更正決定など、国税局の当該職員の調査に基づくものである旨の記載がある書面により税務署長がした処分にあっては、当該税務署長又は当該職員が所属する国税局長のいずれかを選択
・国税局、税務署及び税関以外の行政機関（例えば登録免許税に係る法務局）の長又はその職員がした処分にあっては、当該行政機関の長
２．納税地が異動した場合
上記１．に掲げる場合において、処分をした行政機関の長としての税務署長等とは、所得税、法人税、地方法人税、相続税、贈与税、消費税等に係る徴収処分及び滞納処分を除く他の処分について、当該処分後納税地が異働した場合における審査請求をするときは、その異動後の納税地を所轄する税務署長等を指します。
前述の処分又は源泉徴収所得税等及びこれらの加算税に係る納税の告知について、納税地の異動に伴う効果は、異動後の納税地を所轄する税務署長等が、課税対象となった年分、事業年度等又は課税期間の前後を問わず、その納税者に対する課税関係処分のすべてについて権限を引継ぎ、かつ、管轄権を有しますので、処分をした行政機関の長には、異動前の課税対象処分に係る審査請求の場合を含めて、異動後の納税地を所轄する税務署長等がこれに当たることとなります。
３．経由の手続
原処分をした行政機関の長を経由して審査請求をする場合には、審査請求人は、当該経由庁に審査請求書の正本及び副本を提出します。
審査請求書を収受した処分をした行政機関の長は、直ちにその正本を国税不服審判所長に送付します。
この場合、審査請求事件は、国税不服審判所の支部（すなわち各地域国税不服審判所）において処理されるのが原則であり、各支部は、その権限の重複を避ける観点により管轄区域が定められていることから、当該正本は事件の原処分庁の管轄区域を所轄する国税不服審判所支部の首席国税審判官（すなわち各地域国税不服審判所長）に提出することになります。
審査請求人から提出された審査請求書の副本は、それを収受した処分をした行政機関の長、すなわち原処分庁において審査請求書についての答弁書を作成するための資料に供するため、原処分庁において保管されます。
また、審査請求が、いわゆる国税局調査課等の国税局の職員の調査に係るものである旨の付記がされた処分通知書を対象とする場合における原処分庁たる税務署長にあっては、当該審査請求書の副本を、答弁書を提出すべき立場に置かれる当該国税局長に送付しなければなりません。
４．経由の場合の提出時期
原処分をした行政機関の長を経由してする審査請求書の提出時期は、当該行政機関の長に提出された時をもって審査請求がされたものとみなされますので、この時点が審査請求期間の算定の基準となります。
もとより、審査請求が郵便又は信書便により処分をした行政機関の長に提出されたときは、その郵便又は信書便の通信日付により表示された日等にその提出がされたものとみなされます。
