１．平成18（2006）年度改正
特定同族会社事業用宅地等の対象となる法人から相続税の申告期限において清算中の法人が除かれることとなりました。
また、特定同族会社事業用宅地等について本特例の適用を受ける場合の添付書類に当該法人の定款の写しが追加されました。
この改正は、平成18（2006）年5月１日から相続又は遺贈により取得する財産に係る相続税から適用されました。
２．平成19（2007）年度改正
特定郵便局の事業の用に供されている土地等について、国営事業用宅地等としての本特例の適用は平成19（2007）年9月30日で廃止されました。
しかし、平成19（2007）年10月１日以後に、相続等により取得した郵便窓口業務を行う郵便局の敷地の用に供されている一定の土地等については、その土地等について１回に限り、特定事業用宅地等に該当する特例対象宅地等とみなして、原則400㎡までの部分について80％の減額を受けることができるようになりました。
この改正は、平成19（2007）年10月１日以後の相続又は遺贈により取得する財産に係る相続税から適用されました。
３．平成21（2009）年度改正
「非上場株式等についての相続税の納税猶予の特例」の創設に伴い、「特定（受贈）同族会社株式等に係る課税価格の計算の特例」は平成21（2009）年３月31日をもって廃止されました。
すなわち、「特定事業用資産についての相続税の課税価格の計算の特例」における、特定事業用資産から特定（受贈）同族会社株式等が除かれ、この特例は、特定（受贈）森林施業計画対象山林だけの特例に改組され、特例の名称も「特定計画山林（特定森林施業計画対象山林又は特定受贈森林施業計画対象山林）についての相続税の課税価格の計算の特例」に変更されました。
これに伴い、本特例との併用に関して、小規模宅地等と特定計画山林については、相続税の課税価格の計算の特例の重複適用が原則としてできず、納税者の選択により、そのうち一つの特例だけを適用することができることとされました。
この場合において、納税者が選択した小規模宅地等の面積がその限度に満たない場合には、選択適用の例外として、その満たない面積に相当する部分を限度として特定計画山林の特例の適用を選択できることとされました。
この改正は、平成21（2009）年４月１日以後の相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税から適用されました。
